Dr. M. Faruk Köse, 1991-2011 yılları arasında Türkiye’nin prestijli üçüncü basamak referans hastanelerinden biri olan Etlik Doğumevi ve Kadın Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde jinekolojik onkoloji bölümü şefi olarak görev yapmıştır. Görev süresi boyunca bölüm, kayıtlı 8.000 kanser hastasının bakımını üstlenmiş ve her yıl yeni kanser vakalarına yönelik 350-400 primer ameliyat gerçekleştirmiştir.  

Ankara’daki bu görevinden sonra Dr. Köse, İstanbul’da İtalyan Giovanni Alberto Agnelli Hastanesi’nde tıbbi direktörlük görevine başlamış, sonrasında da Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi Liv Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Bölümü’ne geçerek bölüm başkanlığı yapmıştır.  

2014 yılında Dr. Köse, Medipol Mega Üniversite Hastanesi’nde Kadın Hastalıkları ve Doğum Bölümü Direktörü olarak görev yapmış ve bu görevini 2016 yılına kadar sürdürmüştür. 2016 yılından buyana Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi Atakent Hastanesi’nde görev yapmaktadır.  

Dr. Köse, Türk Kolposkopi ve Servikal Patolojiler Derneği ile Ortadoğu ve Akdeniz Jinekolojik Onkoloji Derneği başkanlıklarını yapmaktadır.